В последних обновлениях игры была включена защита от читеров, а точнее, если игра обнаруживала процесс с запущенным CheatEngine, то она просто закрывалась, выдавая прощальное сайонара следующим окном:

Фикс способствует обхождению сего досадного ограничения. Установка достаточно простая: скачать и разархивировать в папку с игрой по пути Mortal Kombat 11\Binaries\Retail. Вот и всё ^_^