Darkest of Days — шутер с видом от первого лица. Игрок управляет Александром Моррисом, солдатом, сражающимся в батальоне генерала Кастера во время битвы при Литтл-Биг-Хорне. После того, как Кастер убит, а Моррис ранен, его внезапно спасает человек в футуристических доспехах и проводит через странный портал. Затем Моррис просыпается в штаб-квартире Kronotek, организации, которая разработала технологию путешествий во времени и, по-видимому, занимается исследованием и защитой истории. Высшее руководство Кронотека, известное как «Мать», сообщает Моррису, что доктор Коэлл, основатель организации, пропал без вести, и в истории начали возникать беспорядки, в результате чего люди, сыгравшие ключевые роли в истории, подвергаются опасности, и поручает Моррису помогает Kronotek восстановить историю.