Razvijalci Baldurjevega vrata 3 trdijo, da lahko igralci pričakujejo približno 17.000 različnih koncev. Naša ekipa je prešla to igro na čim več različnih načinov, da vam pove, kako priti do vseh dobrih in slabih koncev, pa tudi o skrivnem scenariju, v katerem Gale priskoči na pomoč glavni junak.
V končni izbiri se bodisi pridružite Illithidom in jim pomagate osvojiti svet, bodisi jih uničite, s čimer osvobodite vesolje od tiranije in suženjstva. Zato sta na voljo le dva glavna konca: dobri in slabi. Ti se lahko razdelijo na dvanajst. Preostalih 16.988 koncev so različni odnosi s frakcijami, liki iz nalog in spremljevalci.
Da končate igro z dobrim izidom, morate uničiti Netherese Brain, pa tudi vse Illithide in njihove žabice. Na ta način boste ustavili napadalce, odvisno od metode pa boste dobili več edinstvenih prizorov razvoja likov.
Ko dosežete Netherese Brain, mu duševno ukazujte, naj se samouniči. To bo povzročilo verižni odziv, kar bo pripeljalo do smrti vseh Illithid žabic. Da dobite ta konec, sprejemajte nevtralne ali dobre odločitve, se povzpnite čim višje do Netherese Brain in ubijte vse sovražnike, ki prebivajo v stolpu.
Če nočete sprejemati usodnih odločitev, lahko to breme prepustite Cezarju, če ga vzamete v svojo ekipo za končni boj. Prav tako morate doseči Netherese Brain, vendar vas bo zavezni Illithid prisilil, da se samouniči. Po tem bo Cezar prejel nov naslov Osvoboditelj ljudstev, ki jih sužnjuje Mind Flayer.
Za zadnji boj vzemite Cezarja v svojo ekipo, s katerim morate imeti dober odnos. Nato, preden se srečate z Netherese Brain, vam bo zavezni Illithid povedal zgodbo o žabici, ki jo je hranil za posebno priložnost. Sprejmite jo, da se preobrazite v Illithida, a obdržite svojo zavest. To vam bo olajšalo infiltracijo v Netherese Brain in pridobitev nadzora nad njim. Skupaj s Cezarjem prevzemite oblast in uničite Illithid imperij. Zmagali boste in osvobodili svet od napadalcev, vendar boste za vedno ostali v telesu Illithida. Po zmagi bo še en prizor, v katerem se Lae'zel zavrne, da bi bila vaš spremljevalec, in zapusti ekipo.
Ta konec se vrti okoli lika Orpheusa, ki ga je ujel Netherese Brain. Vzemi cesarja v svojo ekipo, zavrni posebno žabo, po kateri osvobodi Orpheusa. Zavezni Illithid to ne bo maral, a ne bo povzročil veliko težav. Pri končni izbiri z Netherese Brainom bo Orpheus ponudil sebe kot žrtev. V novem pogovoru ponudite svojo pomoč, pustite Orpheusa kot vladarja svojega ljudstva. Nato, po zmagi, ukazujte svojemu novemu zavezniku, naj vas ubije. Tako boste postali pravi junak, in celo Lae'zel bo priznala vašo žrtev.
Po reševanju Orpheusa mu ne preprečujte, da bi igral junaka. Ko se preobrazi v Illithida, bo ustavil invazijo, a kasneje bo prosil, da mu končate življenje. Tako boste rešili svet, a boste izginili v ozadju, ne da bi pustili sled v zgodovini Baldurjevega vrata.
Da odklenete slabe konce, se mora igralec izdati svoje sopotnike in se podrediti volji Netherese Braina. Odvisno od situacije, lahko glavni lik ohrani svoj videz ali postane Illithid.
Igranje kot zlo bitje, lahko sledite poti Absoluta. Pri končni izbiri se strinjajte s predlogom Netherese Braina, izdajte svojo ekipo in vodite invazijo Illithidov. Sužnji vas ne bodo zahvalili, ampak kdo so oni, da bi sodili vaše imperijalne načrte?
Vzemite cesarja v svojo ekipo, a narava vašega razmerja z njim ne bo več pomembna. Pri končni izbiri se strinjajte s pogoji Netherese Braina, a prenesite nove dolžnosti na svojega sopotnika. Tako boste ohranili svoj videz, a še vedno boste sužnje preostale populacije.
Spet boste potrebovali cesarja v svoji ekipi in morali boste sprejeti pogoje Netherese Braina. Ta konec se razlikuje po tem, da po pogovoru ubijete svojega Illithid prijatelja in se tudi spopadete s preostalimi zavezniki. Na koncu — vi ste edini, ki boste odločali o usodah preostalih svetov.
Med sledenjem zgodbenim nalogam se boste srečali z bogom Bhaalom. Za še en slab konec se boste morali postati njegov privrženec in širiti njegove nauke po svetu. Alternativno lahko izberete že pripravljenega lika Temna skušnjava ob začetku nove igre, ki je sprva povezan s to starodavno božanstvo. To zgodbo povezuje v celoto, in na koncu, ko izdate vse, boste osvojili svetove v imenu boga Bhaal. Za končno bitko vzemite cesarja v svojo ekipo in sprejmite pogoje Neterese Brain, nato pa ubijte zavezniškega Illithida v slavo Bhaal, da postanete Absolut, vendar pod pokroviteljstvom starodavne božanstva.
Postati sledilec starodavnega boga, ni nujno, da sledite Bhaalovim naukom in osvajate svetove. Za končno bitko vzemite cesarja v svojo ekipo in zavrnite Neterese Brain. Zavezniški Illithid bo pomagal osvoboditi ljudi, ki jih je zasužnjil Mind Flayer, vendar vse pride s ceno. Vsi svetovi in bitja bodo rešeni, razen vašega junaka. Za kršitev prisege bo Bhaal za vedno prevzel nadzor nad telesom junaka in osebno iskal nove krvave žrtve.
Nenavaden konec vas čaka, če se odločite delovati nekonvencionalno. Rešite Orpheusa in mu dovolite, da se spremeni v Illithida, nato pa ga napadite s celotno ekipo. V tem primeru boste izpolnili voljo Neterese Brain in lahko pridete k njemu v čast. Sprejeli vas bodo in spremenili v Illithida, kar bo glavnega junaka naredilo del načrta za osvajanje svetov.
Če imate dober odnos z Galeom, ste zaključili njegovo nalogo in ga vzeli s seboj na končno odpravo, vas čaka še en konec. Ko ste na bazi možganov, bo Gale rekel, da lahko uniči Neterese Brain sam, z uporabo sfere v svojem prsnem košu. Strinjajte se z njegovim predlogom in preprosto opazujte, kaj se zgodi iz pristanišča.
Če ste pred 2. dejanjem zaključili nalogo Čarovnik iz globokih voda, potem lahko ob prvem srečanju z Neterese Brain raznesete sebe skupaj z Galeom. Igra se bo končala, in pripovedovalec bo namignil, da takšnega konca ni pričakoval od vas, vendar bo pomagal rešiti Baldur's Gate, čeprav se bodo drugi morali boriti z vsemi odraslimi ličinkami.