Metal Gear Solid 3: Snake Eater-Adventure Stealth Explosion s prvim in tretjo osebo. Kača, ki jo nadzira igralec, se mora tiho prebiti skozi sovražnikovo ozemlje. Na razpolago junaka je impresiven arzenal orožja (od pištole do izstrelitve granate), vendar je glavni poudarek v igri postavljen na tajnost in izogibanje spopadom s sovražnikom. V postopku izpolnjevanja misije Snake najde veliko koristnih predmetov, vključno s prometnimi senzorji in "blagovno znamko" kartonsko škatlo, ki služi sabljam z zavetiščem.
Igralec porabi približno dve tretjini časa igre v tropskem gozdu, kjer je spretnost z nasprotniki ključna za uspešno izogibanje okoliškemu vegetaciji (na primer, igralec se lahko povzpne na drevo ali se skrije pred and an Sovražni vojak v gosti travi). Prav tako je poseben poudarek na uporabi kamuflaže. Radar, uporabljen v prejšnjih igrah, je bil nadomeščen s preprostim senzorjem gibanja in akustičnim sistemom, ki ustreza začasnemu obdobju igre.